В сериале "Кукольный дом" действие разворачивается в тайном уголке Лос-Анджелеса, под высотным зданием, где таится загадочная и нелегальная организация, известная как "Кукольный дом". Его местоположение тщательно скрыто от посторонних глаз, и для обычных людей это место просто не существует.

Этот загадочный комплекс представляет собой лишь маленькую часть огромной структуры, имеющей аналогичные объекты по всему миру. "Кукольные дома" служат убежищем для тех, кто заключил контракт на пять лет с организацией. Главное условие соглашения - после окончания срока все участники теряют часть своих самых тяжелых воспоминаний.

Куклы, как их прозвали, лишаются своей индивидуальности, подвергаясь процедуре стирания памяти и получая новые навыки для выполнения миссий. Однако жизнь одной из кукол, девушки по имени Эко, принимает неожиданный оборот, когда её память перестаёт поддаваться процедуре стирания. Постепенно вспоминая своё прошлое, она начинает задавать вопросы и искать правду, ставшую для неё запретным фруктом в мире иллюзий "Кукольного дома".